苏磊课题组
微生态学是研究正常微生物的结构、功能以及与其宿主相互关系的学科。人类医学经历了治疗医学和预防医学，正在向保健医学迈进，微生态学则是保健医学的理论和实际应用的基础学科。自2005年以来，Science, Nature等相继报道肠道菌群的重要功能：肠道菌群为人体提供营养，调节代谢，调控肠道上皮发育和诱导先天性免疫，其功能相当于人体的一个重要的“器官”，破坏肠道菌群的平衡就是损害人的健康。但由于肠道微生态本身特征及其与疾病关系过于复杂，这些研究大多基于生物信息学的方法，首次发现肠道微生物与人类各种疾病的相关性。至于具体有哪些微生物作用于相关疾病，怎么与疾病互作，怎样影响疾病却鲜有报道。目前肠道微生物在多种疾病的发生发展中的作用机制研究尚处于初级阶段，肠道微生态研究领域中有很多关键技术和问题尚须要深入探索。随着培养组学、宏基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学等组学技术的飞速发展，肠道微生态相关研究正得以快速、深入、系统的推进。
肠道微生物在人类健康和疾病中扮演重要角色。已有证据表明益生菌能有效预防和辅助治疗各种疾病。因此，对微生物资源的收集、保藏与发掘利用研究具有重要意义。在此基础上，利用无菌动物对微生态制剂的安全性、有效性进行评价，进而揭示功能微生物对重大慢性疾病发病机制的影响及其作用机制。本课题组主要研究任务包括从事肠道微生物资源的广泛分离、鉴定和保藏工作；利用无菌动物研究和评价微生物与神经退行性疾病、心血管疾病、肥胖等疾病之间的关系，研究结果为阐述功能微生物与人类疾病发病机制研究奠定基础，同时也为临床疾病的精准诊断和治疗提供理论依据和技术支持。目前，课题组承担多项研究项目，包括国家自然科学基金，科技部重点研发计划、中央级公益性科研院所基本科研业务费、医科院重大协同创新项目、北京市教委共建计划产学研合作项目等国家级省部级科研项目。此外，本课题组保存各类微生物资源4000余株，发表微生物模式新属3个，新种30个。同时为手足口疫苗、轮状病毒疫苗和人戊型肝炎疫苗的研制和评价提供了悉生动物模型。形成社会共享的无菌动物和悉生动物资源和比较医学技术资源，为肠道微生物与疾病关系研究提供了资源和工具，为我国的医药研究提供了有力的技术支撑条件。研究成果主要发表于International Journal of Molecular Sciences、Immunity、Blood、Communications Biology、Mycologia、Frontiers in Microbiology、Journal of Neurochemistry、Antonie van Leeuwenhoek和Archives of Microbiology等杂志。
研究方向：
（1）肠道微生物资源开发与利用；
（2）利用课题组开发的无菌动物资源，开展肠道微生物与人类重大慢性疾病的互作机制研究；
（3）开展微生物分类学及系统发育研究，进行病原微生物的溯源研究以及国家标准株的认定；
（4）依托悉生动物平台开发的菌群人源化动物模型，无菌化人类疾病动物模型以及肠道微生物资源，对微生态制剂的安全性和有效性进行评价。
人员组成：课题组目前有工作人员6人。
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研究人员：
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| 苏磊 博士 副研究员 |
李雪 硕士 研究助理 |
石伟雄 硕士 研究助理 |
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技术人员：
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| 朱华 主任技师 |
杜晓鹏 主管技师 |
郭亚茜 主管技师 |
科研成果：
发表的主要论文：
- Sun P, Li X, Shi W, Zhang L, Li M, Su L, Qin C. (2023) Lactococcus intestinalis sp. nov., a new lactic acid bacterium isolated from intestinal contents in Alzheimer’s disease mice. Antonie van Leeuwenhoek. 116(5):425-433.
- Li X, Sun P, Gong L, Shi W, Xiang Z, Li M, Su L, Qin C. (2023) Bacteroides rhinocerotis sp. nov., isolated from the fresh feces of rhinoceros in Beijing Zoo. Archives of Microbiology. 205(169):169.
- Sun P, Zhu H, Li X, Shi W, Guo Y, Du X, Zhang L, Su L, Qin C. (2022) Comparative metagenomics and metabolomes reveals abnormal metabolism activity is associated with gut microbiota in Alzheimer’s disease mice. International Journal of Molecular Sciences 23(19):11560.
- Su L, Zhu H, Sun PL, Li X, Yang BC, Gao H, Xiang ZG, and Qin C. (2021) Species diversity in Penicillium and Acaulium from herbivore dung in China, and description of Acaulium stercorarius sp. nov. Mycological Progress 20:1539–1551.
- Sun W, Su L, Yang S, Sun J, Liu B, Fu R, Wu B, Liu XZ, Cai L, Guo LY, and Xiang MC. (2020) Unveiling the hidden diversity of rock-inhabiting fungi: chaetothyriales from china. Journal of Fungi 6(4):187.
- Su L, Zhu H, Niu YC, Guo Y, Du X, Guo J, Zhang L, and Qin C* . (2020) Phylogeny and taxonomic revision of Kernia and Acaulium. Scientific Reports 10: 10302.
- Su L, Zhu H, Guo Y, Du X, Guo J, Zhang L, Qin C*. (2019) Lecanicillium coprophilum (Cordycipitaceae, Hypocreales), a new species of fungus from the feces of Marmota monax in China. Phytotaxa 387(1):55–62.
- Su L, Guo LY, Hao Y, Xiang MC, Cai L, Liu XZ. (2015) Rupestriomyces and Spissiomyces, two new genera of rock-inhabiting fungi from China. Mycologia 107:831–844.
- Su L, Deng H, Niu YC. (2017) Phylogenetic analysis of Plectosphaerella species based on multi-locus DNA sequences and description of P. sinensis sp. nov. Mycological Progress. 16(8):823–829.
- Xiang ZG, Zhu H, Yang BC, Fan H, Guo JG, Liu JN, Kong Q, Teng Q, Shang H, Su L, Qin C (2020) A glance at the gut microbiota of five experimental animal species through fecal samples. Scientific Reports 10(1):16628.
- Qi H, Wei J, Gao Y, Yang Y, Li Y, Zhu H, Su L, Su X, Zhang Y, Yang R (2020) Reg4 and complement factor D prevent the overgrowth of E. coli in the mouse gut. Communications Biology 3(1):483.
- Li Z, Zhu H, Guo Y, Du X, Qin C (2020) Gut microbiota regulate cognitive deficits and amyloid deposition in a model of Alzheimer’s disease. Journal of Neurochemistry 00:1-14.
- Wen Y, Wang L, Jin Y, Zhang J, Su L, Zhang X, Zhou J, Li Y (2017) The microbial community dynamics during the vitex honey ripening process in the honeycomb. Frontiers in Microbiology. 8:1649.
- Shi N, Li N, Duan X, Niu H (2017) Interaction betweengut microbiome and mucosal immunity. Military Medical Research 27:4-14.
- Zhang Z, Li J, Zheng W, Zhao G, Zhang H, Wang X, Guo Y, Qin C, Shi Y (2016) Peripheral lymphoid volume expansion and maintenance are controlled by gut microbiota via RALDH+ dendritic cells. Immunity 44(2):330-342.
- Ma Y, Shi N, Li M, Chen F, Niu H (2015) Applications of next-generation sequencing in systemic autoimmune diseases. Genomics Proteomics Bioinformatics. 13:242–249.
- Niu H, Fang G, Tang Y, Xie L, Yang H, Morel L, Diamond B, Zou YR (2013) The function of hematopoietic stem cells is altered by both genetic and inflammatory factors in lupus mice. Blood 121(11):1986-1994.
- 苏磊，熊丽娟，张丽芳，李夏，李雪，石伟雄，肖芳平，鲍琳琳，周银平，向志光. (2023) 国家病原微生物资源库对一株嗜肺啮齿杆菌的标准化鉴定与收录. 中国比较医学杂志. 33(4): 36-42.
- 朱华; 郭亚茜; 杜晓鹏; 李卓; 苏磊; 秦川; 基于LC-MS 的冠心病人源菌群小鼠代谢组学研究, 中国实验动物学报, 2020, 28(3): 323-329.
- 朱华; 刘小海; 李卓; 郭亚茜; 杜晓鹏; 苏磊; 李永宁; 秦川; 建立阿尔茨海默症人源肠道菌群动物模型, 中国实验动物学报, 2021, 29(1): 55-62.
专利：
1、无菌大鼠的繁育饲料配方，200510086582.0，中国发明专利
2、无菌豚鼠的培育技术及饲料配方200510086583.5，中国发明专利
3、无菌隔离器 200520114540.9，中国实用新型专利
4、无菌兔的饲料配方及灭菌方法 200510086581.6中国发明专利
5、一种无菌大小鼠人工乳及其制备方法；201810283934.9，中国发明专利
6、一种不同日龄无菌大小鼠人工哺乳针头及其制备方法201810523297.8，中国发明专利
论著：
1、悉生动物学 王荫槐主编 辽宁大学出版社 2007年12月出版
2、悉生动物技术，实验动物人才培训教材
3、悉生蚕的培育及其在实验动物科学中的应用 王荫槐主编 天津出版传媒集团 2013年出版
获得奖励：
1、YDG型隔离器的研制，中国医学科学院中国协和医科大学科技成果奖
2、无菌兔、豚鼠的培养及研究：（1）无菌兔的培育和研究，中华人民共和国卫生部科学技术进步二等奖
3、无菌兔、豚鼠的培养及研究：（2）无菌豚鼠的饲养方法及其特征和应用的研究，中华人民共和国卫生部科学技术进步二等奖
4、无菌兔的培育和研究 中华人民共和国国家科学技术委员会，国家科技成果
5、无菌豚鼠的饲育方法及其特征和应用的研究 国家科学技术委员会科技成果
6、无菌大鼠的开发与应用研究 卫生部科学技术进步三等奖
在研项目：
1、基于标准物质研制的实验动物质量评价关键技术研究，国家重点研发计划青年科学家项目，2021YFF0702900，2021-2024, 300万元，主持，在研；
2、食草动物肠道真菌的多样性及其纤维素分解功能活性研究，农业农村部农业微生物资源收集与保藏重点实验室开放基金，KLMRCP2021-09，2021-2023，3万元，主持，在研；
3、病原微生物菌毒种资源库能力提升建设，医科院创新工程，医科院创新工程项目，2021-I2M-1-039，2021-2025，320万元，参与，在研；
4、实验动物和人兽共患病菌（毒）种保藏分中心的运行与优化，医科院基本课题业务费，2021-PT310-003，2021-2022，100万元，参与，在研；
5、实验动物和人兽共患病菌（毒）种保藏分中心的优化，医科院基本课题业务费，2020-PT310-002，2019-2020，100万元，参与，已结题；
6、实验动物及人兽共患病相关菌（毒）种保藏分中心的建立，医科院基本课题业务费，2018PT31011，2018-2019，100万元，参与，已结题；
7、黄瓜内生真菌多样性及其对土传真菌病害的生防潜能，国家自然科学基金，31700022，2018-2020，20万元，主持，已结题
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