2003
- 4月16日医科院任命秦川为研究所常务副所长、履行法人代表职责。
- 4月18日成立研究所防治非典型肺炎领导小组。
- 5月3--4日全国防治非典型肺炎指挥部科技攻关组，到所考察从事非典型肺炎研究的生物安全三级实验室（ABSL-3）。科研人员协助专家组，科学地提出《传染病非典型肺炎病毒研究实验室暂行管理办法》和《传染病非典型肺炎病毒的毒种保存、使用和感染动物模型的暂行管理办法》，于5月6日以科技部、卫生部、国家食品药品监督管理局、国家环境保护总局名义下发。
- 5月12日全国防治非典性肺炎指挥部科技攻关组办公室认定研究所“ABSL-3实验室已具备从事SARS病毒所需的条件，同意进行SARS病毒的细胞学、小动物和大动物实验研究”。并要求“紧急扩建180平方米的ABSL-3实验室”。
- 5月获得科技部“十五”863项目：“SARS病毒敏感动物模型的建立”、“SARS病毒动物模型的建立”、“抗病毒药物的体外抗SARS作用筛选”等。
- 6月9日国家药监局宣布非典灭活疫苗的安全性和有效性已在猴子身上获得初步证实。
- 7月1日秦川教授获得北京市统战系统抗击“非典”先进个人称号；SARS模式动物工作小组荣获“首都防治非典型肺炎工作先进集体”荣誉称号。
- 7月12日我国第一个SARS冠状病毒感染动物模型在研究所成功建立，这标志着困扰SARS疫苗和药物研究的“瓶颈”被突破。
- 7月30日秦川教授作为英模代表参加了全国抗击非典型肺炎英模事迹报告团，在人民大会堂报告了科学家开展SARS科学研究的事迹，并受到党和国家领导人亲切接见。
- 8月28日科技部部长徐冠华，卫生部、军事医学科学院、院校党委领导等到所视察。听取了研究所科研工作（SARS疫苗研制）、ABSL-3实验室改造等情况汇报。
- 9月26日全国防治非典型肺炎指挥部科技攻关组认定：研究所改造后的ABSL-3实验室“具备开展大动物、小动物和细胞水平传染性非典型肺炎病毒研究的条件”。
- 10月20日研究所接受西班牙政府捐款人民币924000元，用于SARS课题研究。
- 11月23日SARS病毒灭活疫苗完成临床前研究，取得的一系列成果，受到世界卫生组织（WHO）官员及专家的充分肯定，被认为是“令全世界振奋的突破性进展”。
- 12月1日研究所接受日本三井株式会社捐赠的设备，价值人民币77000元，用于SARS课题研究。
- 12月17日医科院任命秦川为研究所所长、实验动物学部主任，游徳通为党委书记兼副所长。
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